Parafia św. Szczepana, Pierwszego Męczennika została erygowana 2 marca 1949 r. przez ks. Prymasa Stefana Wyszyńskiego. Parafia powstała z części parafii św. Michała Archanioła, jedynej wówczas parafii na Mokotowie. W 1953 r. z części parafii św. Szczepana powstała parafia św. Andrzeja Boboli przy ul. Rakowieckiej. Już w 1949 r. parter domu zakonnego zaadaptowano na potrzeby kaplicy parafialnej. Kaplica mieszcząca 300 osób przez 50 lat służyła parafii. W okresie letnim urządzano nabożeństwa w przyległym ogrodzie. Msze św. sprawowano na werandzie. W kwietniu 1978 r. ówczesny proboszcz O. Feliks Dziadczyk SJ otrzymał zgodę na budowę pomieszczeń administracyjno-gospodarczych. W efekcie w październiku 1981 r. oddano do użytku budynek przy ul. Melsztyńskiej 12. Umieszczono w nim salki katechetyczne, kancelarię parafialną, Duszpasterstwo Akademickie, kaplicę, bibliotekę i mieszkania dla jezuitów z zespołu parafialnego.
W nowej rzeczywistości po upadku PRL-u znikł problem samego pozwolenia na budowę kościoła, ale nabrały ostrości problemy jego lokalizacji. Ostatecznie zdecydowano się na wybudowanie kościoła na posesji zakonnej pomiędzy domem Prowincjalnym Jezuitów a nowy domem parafialnym przy ul. Melsztyńskiej.
Budowę nowej świątyni rozpoczęto 1 kwietnia 1998 r. 26 września w surowych murach kościoła (jeszcze bez stropu) kard. Józef Glemp przewodniczył Mszy św. koncelebrowanej i poświęcił kamień węgielny nowej świątyni p.w. św. Szczepana, Pierwszego Męczennika.
Nabożeństwa jubileuszu 50-lecia parafii w dniu 19 września 1999 r. odbywały się już w nowym kościele (oddanym w stanie surowym). Od jubileuszu Msze św. niedzielne i świąteczne były sprawowane w kościele, natomiast w dni powszednie używano dawnej kaplicy przy ul. Narbutta 21. Wszystkie nabożeństwa przeniesiono do kościoła od rekolekcji wielkopostnych w kwietniu 2000 r. 24 listopada 2000 r. odbyła się intronizacja słynącego łaskami XVII – wiecznego krzyża, który przez ostatnie 40 lat wisiał w bocznej nawie kościoła Matki Bożej Łaskawej na Starym Mieście. Krzyż zajmuje centralne miejsce w prezbiterium kościoła.
W następnych latach wybudowano wieże, zamontowano łuki w kościele, położono tynki, położono posadzkę, ustawiono stały kamienny ołtarz z płaskorzeźbą św. Szczepana, ambonę, chrzcielnicę, zamontowano nowe tabernakulum, wyposażono kościół w ławki, zrobiono kamienny portal wejściowy (trójkąt panteonu z głową kamienowanego naszego patrona, zawieszono Drogę Krzyżową. Większość wyposażenia kościoła jest autorstwa prof. Gustawa Zemły a prace wykonał Paweł Pietrusiński. Wyposażono też kościół w kopię obrazu M B Częstochowskiej malowanej temperą wg. średniowiecznej technologii przez p. Joannę Krwawicz- Garstkę, a także obraz Jezusa Miłosiernego.
Jesienią 2009 r. przygotowując się do obchodów 60-lecia parafii odbyły się Święte Misje o Krzyżu św. na zakończenie których ustawiono przed kościołem Krzyż Misyjny poświęcony przez ks. Abp. Metropolitę Warszawskiego Kazimierza Nycza.
